大药企卖疫苗等生物制品不再按3%简易计税，有何影响？

2026年之前大中型药品经营企业卖疫苗等生物制品，可以选择简易办法按照生物制品销售额和3%的征收率计算缴纳增值税，而这一优惠政策从今年起将取消。

近期，财政部、税务总局公布《关于增值税法施行后增值税优惠政策衔接事项的公告》（下称《公告》），其中明确了今年起仍适用简易计税方法的项目，但并没有提及生物制品简易计税政策。

《公告》称，除本公告和增值税法、增值税法实施条例、《财政部 税务总局关于个人销售住房增值税政策的公告》外，在2025年12月31日前制发文件规定的国内环节增值税优惠政策同时停止执行。

资深税务专家李军告诉第一财经，这意味着今年生物制品不再适用简易计税政策。

安永研报解读称，这意味着自2026年1月1日起，上述一般纳税人销售以上自产生物制品或经营生物制品，不再适用3%的简易征收率，而应当根据具体生物制品种类确定适用税率，按一般计税方法计算缴纳增值税并可按规定抵扣进项税额。

所谓生物制品，一般是指应用基因工程、细胞工程、蛋白质工程及发酵工程等生物技术制备的微生物、细胞、组织或液体成分，用于人类疾病预防、治疗和诊断的药品，具体包括疫苗、血液制品、抗体药物等类型。

此前财政部、税务总局发布多项政策，对增值税一般纳税人销售自产的生物制品、属于增值税一般纳税人的药品经营企业销售生物制品或兽用生物制品，均可以选择简易办法按照生物制品销售额和3%征收率来计算缴纳增值税。

当然，上述增值税一般纳税人也可以采取一般计税方法，应缴纳增值税税额为销项税额减去进项税额，其中销项税额为生物制品的销售额乘以税率，该税率主要为13%。

上海国家会计学院副教授葛玉御告诉第一财经，由于之前生产销售生物制品企业缺少进项税额或进项税额较少，所以采用简易计税方式可以减轻企业税负。

李军表示，当初给生物制品简易计税政策主要是因为疫苗等生物制品关系着百姓健康，在发展初期应给予鼓励。随着近年来我国生物制药行业的蓬勃发展，简易计税的鼓励效应有所下降。另外生物制品的下游也有很多是适用一般计税方式的制药企业，上游生物制品采用简易计税反而造成了重复征税或者没有达到减税的效果。因此，此次增值税法出台取消了生物制品的简易计税。

多位专家告诉第一财经，此前部分企业滥用上述生物制品简易计税政策，税务部门近年强化了征管。

此次生物制品简易计税优惠政策取消，对相关企业有何影响？

葛玉御认为，一些头部企业产业链条完善、进项抵扣充分，采取一般计税下税务可能会降低或税负保持平衡。但对其他进项税额不足的部分生物制药企业来说，税负有可能会上升。

李军表示，此次《公告》生物制品的简易计税政策，相关企业税负的变化取决于企业的具体情况以及在产业链条中的地位。对于企业来讲，应该迅速梳理供应商和客户的情况，通过价格机制的调整以适应本次税收政策变化。

安永研报认为，对于以往选择简易计税的生物制品企业而言，尽管可以抵扣进项税额，但由于生物制品行业的特殊性（如研发投入大、部分原材料难以取得进项发票等），实际税负可能仍将上升。

安永建议，生物制品生产和经营企业应当立即开展税负影响测算，梳理进项税额抵扣链条，优化供应商选择和采购管理，确保能够取得合规的增值税专用发票。同时，建议在产品定价、合同签订时充分考虑税负变化因素，并与下游客户做好沟通协调。

葛玉御表示，根据《公告》，在生物制品中，像抗癌药、罕见病药仍保留了简易计税3%优惠政策。

《公告》明确了2026年1月1日至2027年12月31日仍然有效的简易计税增值税优惠政策，其中包括四项政策，分别是《财政部 海关总署 税务总局 国家药品监督管理局关于抗癌药品增值税政策的通知》；《财政部 海关总署 税务总局 药监局关于罕见病药品增值税政策的通知》；《财政部 海关总署 税务总局 药监局关于发布第二批适用增值税政策的抗癌药品和罕见病药品清单的公告》；《财政部 海关总署 税务总局 药监局关于发布第三批适用增值税政策的抗癌药品和罕见病药品清单的公告》。